Das ist mir auch schon zweimal passiert. Ich verstehe nicht ganz (besser gesagt gar nicht), warum das geschieht, aber ich weiß zumindest, wie man es wieder hinkriegt:
Im Ordner ~/Choices/ROX-Filer befindet sich die datei pan_Default.
Dort gleich hinter <start> eine Zeile mit <icon label="ROX-Menu">/usr/local/lib/ROX-wrappers/ROX-Menu</icon> hinklatschen.
Dann Speichern und ausloggen. Wichtig dabei ist: Die Datei erst speichern, wenn du schon das Logout-Fenster vor dir hast, denn beim Klicken auf den Logout-Button in der Leiste wird die Datei einfach wieder zurückgesetzt.
Beim nächsten Login ist die schöne Start-Schaltfläche wieder da
